2#01 Des dessous convoités (Summer in the city)
Stella et Danny enquêtent sur la mort d’un concepteur de bijoux. L’homme venait de terminer un soutien-gorge orné de pierres précieuses valant 8 millions de dollars. De son côté, Aiden travaille sur une affaire où un violeur a récidivé sur la même victime et la jeune technicienne est plus que déterminée à envoyer le malfaiteur derrière les barreaux. Hawkes obtient l’autorisation de venir sur le terrain pour la première fois et il assiste Mac qui enquête sur la mort d’un homme qui escaladait des gratte-ciel.
2#02 Un mort dans la foule (Grand murder at central station)
Une jeune femme aveugle est retrouvée morte sur le toit d’un immeuble et Stella et Danny sont chargés de l’enquête. Pendant ce temps, Mac, Hawkes et Flack s’occupent de la mort d'un chirurgien esthétique que beaucoup de monde détestait. A une heure de pointe l’homme a été aspergé de soude à la gare centrale. Aiden travaille toujours sur son affaire de viol mais lorsque Mac s’aperçoit qu’elle a ôté les scellés sur une preuve il doit prendre une décision.
2#03 Le repas des fauves (Zoo york)
Un matin, des visiteurs du zoo de Central Park découvrent avec horreur le corps déchiqueté d'un homme dans la cage des tigres. Les gardiens parviennent à endormir les fauves afin de récupérer la malheureuse victime. Envoyés sur place, Mac et Danny pensent que le corps a été balancé par-dessus le mur du zoo. Les inspecteurs chargent leur nouvelle recrue, Lindsay Monroe, de procéder à l'examen de dentition du tigre mâle. Pendant ce temps, Stella et Hawkes enquêtent sur le meurtre d'une très belle jeune femme.
2#04 Le samouraï des affaires (Corporate warriors)
Mack et son équipe enquêtent sur un double meurtre perpétré au sein d'une compagnie pétrolière. Hawkes et Flack unissent leurs forces pour arrêter un adolescent qui aime passer un peu trop de temps derrière son ordinateur.
2#05 La danse du poisson (Dancing with the fishes)
Un couple roule sur une voie express de New York lorsqu'un cadavre vient s'écraser sur leur pare-brise. Il s'agit du corps de Kia, une jeune danseuse, morte avec un ticket de loto gagnant en poche. Après avoir rapidement écarté l'hypothèse du suicide, Stella et Mack orientent leurs recherches vers la compagnie de danse où la victime suscitait jalousie et convoitise. Danny et Sheldon enquêtent sur la mort d'un pêcheur.
2#06 Du sang jeune (Youngblood)
Jason Kinsey, quinquagénaire fortuné amateur de jeunes filles, a succombé à une étrange blessure dans son ascenseur. Mélanie Dobson, élève appliquée, serait-elle impliquée dans cette affaire de meurtre ? Le corps d'un jeune homme est retrouvé au fond du lac de Central Park, attaché à une barrière. Qui donc est cet inconnu qui laisse des indices si contradictoires sur sa personnalité ?
2#07 Le flic de Miami (Manhattan manhunt)
Toujours en cavale, Henry Darius se rend à New York afin de dérober la fortune d'Alexa Endecott, une riche héritière qu'il a pris en otage. Mais ses beaux projets tombent à l'eau lorsqu'il découvre que le coffre-fort de sa victime est vide. Furieux, il se remet à tuer, obligeant Mac Taylor et Horatio Caine à se rendre au plus vite dans la cité new-yorkaise.
2#08 Fausse donne (Bad beat)
Stella et Mack enquêtent sur un meurtre commis dans les hautes sphères du poker pendant que Danny et Hawkes suivent des indices les menant à élucider la mort d'une météorologue.
2#09 Poupées cassées (City of the dolls)
Mack, Danny et Lindsay enquêtent sur la mort du propriétaire d'un hôpital... pour poupées. Stella et Hawkes s'interrogent sur le décès d'une femme qui souffrait d'un cancer en phase terminale.
2#10 Esprit d'équipe (Jamalot)
Stella et Mack tentent de faire la lumière sur la mort d'une championne de roller. Danny et Hawkes enquêtent sur le meurtre d'un écrivain renommé de New York.
2#11 Chambre forte (Trapped)
Stella et Danny doivent tout mettre en oeuvre pour secourir Danny, enfermé dans une chambre forte avec une victime qui était la seule à connaître le code de la porte. Alors qu'un serrurier vient leur prêter main forte, une course contre la montre s'engage pour toute l'équipe craignant que Danny manque d'air.
2#12 Le vert de trop (Wasted)
Un mannequin a mystérieusement trouvé la mort au cours d'un prestigieux défilé de mode. Appelés sur les lieux, Mac et Danny sont chargés de résoudre cette épineuse affaire. Stella, Flack et Lindsay sont quant à eux amenés à se pencher sur la véracité des déclarations d'un mourant, lequel a avoué avoir assassiné son médecin.
2#13 Le dernier métro (Risk)
Alors qu'il rentre chez lui, Danny trouve le corps sans vie de Randy Williams dans le métro. Celui-ci est apparemment mort en voulant "surfer" sur le toit de la rame. Lindsay et Mack arrivent aussitôt sur les lieux du drame. Pour eux, la mort de cet homme semble bien plus étrange. Leurs doutes sont confirmés par l'autopsie du corps du défunt.
2#14 La flèche de l'amour (Stuck on you)
Frankie et Stella sont à un vernissage. Alors qu'elle discute avec l'une des artistes, un cri provenant de la terrasse retentit. Les deux inspecteurs s'y précipitent et découvrent les corps enlacés du propriétaire des lieux et d'une jeune femme, transpercés par une flèche. Cette dernière est décédée et l'homme grièvement blessé. Pendant ce temps, Danny et Lindsay enquêtent sur la mort d'un producteur de musique.
2#15 La mort en jeu (Fare game)
Un assistant du procureur est retrouvé mort dans un cimetière. Stella, Lindsay et Mac découvrent que la victime avait participé à un jeu pour le moins étrange : il consistait à se "tuer" avec des pistolets à eau. Pendant ce temps, Danny et Sheldon enquêtent sur le décès d'une jeune femme qui gagnait sa vie en intentant des procès à des restaurateurs.
2#16 Crime à la source (Cool hunter)
Six morts suspectes dans un immeuble maudit. Stacie Avida, la dernière victime en date, est retrouvée noyée et vidée de son sang dans une citerne. Par ailleurs, un homme est retrouvé mort, étranglé avec une chaîne de balançoire.
2#17 Le silence du témoin (Necrophilia Americana)
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2#18 Vivre ou laisser mourir (Live or let die)
Deux hommes se faisant passer, l'un pour un brancardier, l'autre pour son patient, montent sur le toit d'un hôpital au moment où se pose un hélicoptère. Alors qu'un médecin chargé d'un conteneur isotherme en descend, un coup de feu éclate. Deux heures plus tard, l'appareil est retrouvé avec, à son bord, le pilote blessé. Le corps du praticien est découvert à proximité de l'hôpital, après avoir été vraisemblablement jeté de l'hélicoptère. Etonnamment, il n'y a aucune trace du chargement convoyé, un foie humain.
2#19 Super héros (Super men)
Un homme déguisé en héros est retrouvé mort dans une ruelle. Peu avant, il avait porté secours à un homme qui se faisait agresser. Stella, Mack et Hawkes enquêtent sur cette affaire. Danny et Lindsay cherchent à élucider le meurtre d'un joueur de football connu sous le pseudonyme de "Superman".
2#20 Les cendres du passé (Run silent, Run deep)
Mack reçoit un appel téléphonique étrange. Son interlocuteur confesse avoir commis un crime avant de se suicider. Celui-ci appartenait à un gang. Stella et Danny enquêtent sur la mort d'un homme d'affaires qui avait loué les services très onéreux d'une call-girl.
2#21 Reconstitution (All access)
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2#22 La preuve par trois (Stealing home)
Une jeune fille habillée en sirène est repêchée dans l'Hudson River. Danny et Lindsay sont chargés de l'affaire. De leur côté, Mac, Stella et Hawkes enquêtent sur le meurtre d'un homme qui était marié à deux femmes et vivait avec elles sous le même toit.
2#23 Dernière mission (Heroes)
New York est en pleine "Semaine de la flotte", consacrée à la marine militaire. Des marines en démonstration à Central Park découvrent le cadavre de l'un des leurs, le caporal Price, poignardé la nuit précédente. Mac Taylor se consacre à cette enquête dans un milieu qui lui est familier, secondé par Danny. Price, soldat exemplaire, était à la recherche d'une certaine Ellie. Stella et Lindsay ont affaire à un cadavre méconnaissable, découvert dans une voiture volée, puis incendiée. Sheldon reconstitue le visage de l'inconnue et, à la stupeur et la tristesse générale, tous reconnaissent Aiden.
2#24 Peur sur la ville (Charge of this post)
Mac et Flack sont sur une scène de crime dans un immeuble de bureaux quand une bombe explose. Mac s'en sort avec quelques égratignures mais Flack est grièvement blessé. Peu après, le poseur de bombes appelle Mac pour l'informer qu'il a placé un autre engin explosif quelque part en ville. L'équipe met tout en oeuvre pour le retrouver.